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대내적으로 붕당간의 권력 쟁탈전이 치열하게 전개되고 있을 때 대외적으로는 여진족과 일본의 외침이 있었다. 1583년 니탕개(尼蕩介)를 중심으로 회령지방에 살던 여진족이 반란을 일으켜 경원부(慶源府)가 함락되자,
경기감사 정언신(鄭彦信)을 도순찰사로 하여 군대를 출동시켜 이를 진압했다.
또한 1587년에도 니응개(尼應介)가 이끄는 여진족이 대거 침입하자 조산만호(造山萬戶)
이순신(李舜臣)과 경흥부사 이경록(李景祿)이 이를 격퇴했으며,
이듬해 북병사(北兵使) 이일(李鎰)을 시켜 두만강 건너에 있는 여진족 근거지를 소탕했다.
한편 선조는 1590년 황윤길(黃允吉)·김성일(金誠一)·허성(許筬) 등을 파견하여 일본의
동태를 파악하도록 했다. 당시 일본에서는 도요토미 히데요시[豊臣秀吉]가 전국시대(戰國時代)를 통일하고
자신의 정치적 안정을 도모하기 위해 대륙침략을 계획하고 있었는데,
서인인 황윤길은 일본이 많은 병선(兵船)을 준비하고 있어 멀지 않아 병화(兵禍)가 있을 것이라고
보고한 반면, 동인인 김성일은 침입할 조짐을 발견하지 못했다고 보고했다.
대신들은 김성일 쪽으로 의견을 모았다.
그러나 통신사와 함께 온 일본사신이 "1년 후에 조선의 길을 빌려서 명나라를 칠 것(假道入明)"이라고
통고하자 조선 정부는 크게 놀라 뒤늦게 경상도·전라도 연안의 여러 성을 수축하고
각 진영(鎭營)의 무기를 정비하는 등 대비책을 마련했으나 실효를 거두지 못했다.
1592년 4월 13일 일본군이 부산포에 상륙, 파죽지세로 북진해오자
보름 만에 서울을 버리고 개성으로 피난했으며, 이어 평양을 거쳐 의주까지 퇴각했다.
이곳에서 선조는 만일의 사태에 대비하여 평양에서 세자로 책봉한 광해군(光海君)으로 하여금
분조(分朝)를 설치하게 하는 한편, 명나라에 구원병 파견을 요청했다.
이에 명나라는 그해 12월 4만 5,000명의 군대를 파견했다.
이 사이 이순신·권율(權慄) 등이 이끄는 관군이 일본군과 싸워 승리를 거두고,
전국 각지에서 의병이 봉기하여 일본군을 격퇴했다.
이때 선조는 공사천무과(公私賤武科)와 참급무과(斬級武科)를 실시하여
천인의 신분을 상승시킬 수 있는 기회를 제공하는 등 전국민적인 전쟁 참여를 유도하기 위해 힘썼다.
일본군이 1593년 4월 남쪽으로 퇴각하자 그해 10월 선조는 서울로 돌아왔다.
이후 1594년 훈련도감을 설치하고 조총과 탄환을 만드는 기술을 배우도록 했다.
1597년 일본은 명과 진행되던 강화회담이 깨지자 다시 침입했으나,
이순신이 이끄는 조선 수군과의 전투에서 연이은 패배와 도요토미의 사망으로 총퇴각함으로써
7년에 걸친 전쟁은 끝났다.
7년간에 걸친 전쟁으로 국토가 황폐화되어 경작지가 크게 줄어들었다.
이를 회복하고 전쟁으로 소실된 토지대장을 재정비하기 위해 1601년과 1603년에
어사를 파견해 전국적으로 양전(量田)을 실시했다.
또한 전쟁중에 명군의 식량 조달을 위해 실시했던 납속(納粟)을 더욱 확대했다.
납속책의 실시는 부유한 상민·천민의 신분상승을 가능하게 해 조선 후기 신분제 변동의 한 계기가 되었다.
각 궁방(宮房)의 경제적 토대를 마련해주기 위해 임시변통으로 왕자·옹주 23명에게
예빈시(禮賓寺)에 소속되었던 어전(漁箭)·염분(鹽盆)·시전(柴田)을 획급했는데, 이후 궁방전의 시초가 되었다.
1604년 호성(扈聖)·선무(宣武)·정난(靖難) 공신 등을 녹훈함으로써 전쟁중에 공을 세운 사람들을 표창했다.
그리고 유정(惟政)을 일본에 보내 도쿠가와 이에야스[德川家康]와 강화를 맺었으며,
왜관(倭館)을 열어 개시(開市)하는 것을 허락하고 포로로 잡혀가 있던 사람들을 데리고 오게 했다.
주자학에 조예가 깊었고, 서화에도 뛰어났다. 능은 경기도 양주에 있는 목릉(穆陵)이며,
전(殿)은 영모전(永慕殿)이다. 시호는 소경(昭敬)이다.
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